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Além das ações relacionadas à flora e à fauna, o Plano de Manejo da RPPN também prevê um programa específico para o monitoramento do Meio abiótico. Meio abiótico é o conjunto dos elementos sem vida de um bioma. No caso de Ibirapitanga, o solo e a água são os principais elementos abióticos de interesse do Programa de Monitoramento.
A maior preocupação é com a não-contaminação dos recursos hídricos da região uma vez que, além de ser Unidade de Conservação federal, Ibirapitanga faz parte da Área de Proteção Ambiental (APA do Sistema Cantareira) e das Áreas de Proteção de Mananciais (APM de Santa Isabel).
Para não comprometer seus lençóis freáticos, nascentes e mananciais, Ibirapitanga inclui, dentre as exigências arquitetônicas para loteamento, a instalação de fossas com tanques sépticos, filtros anaeróbicos e sumidouros nas residências e demais edificações . Para o tratamento apropriado dos efluentes sanitários, o Regulamento Interno da Reserva obriga que esses equipamentos sejam esgotados e limpos a cada ano.
O programa de Monitoramento faz ainda constantes análises das águas profundas, superficiais e correntes para conferir a o estado dos recursos hídricos.
Com relação ao solo, o Programa de Monitoramento da RPPN Rio dos Pilões fiscaliza a sedimentação, solidez das encostas de morros e cortes de terra e o assoreamento de nascentes, córregos, rios e Lago da Reserva. Esse trabalho é desenvolvido pela equipe de Manutenção com a assessoria de engenheiros terceirizados.
